Die 1838 eröffnete Schule in Freidorf war in ihren ersten Jahren in Privaträumen eingemietet und im Gegensatz zur Schule in Roggwil katholisch. 1857 konnte keine Lehrperson zur Besetzung der freien Lehrstelle gefunden werden und so besuchten die Schulkinder den Unterricht in Roggwil.

Weil der Schulweg zu weit und die Platzverhältnisse in Roggwil prekär waren, erfolgte 1861 die Gründung der Schulgemeinde Freidorf-Watt. 1862 konnte das neue Schulhaus (heute: Kindergarten) in Betrieb genommen werden. Es wurde durch zwei Zimmermeister aus St. Gallen für 13700 Franken erstellt und kam in die Mitte der beiden Weiler Freidorf und Watt zu stehen. Der Bau des neuen Schulhauses war nur möglich dank einer Mitgift des Klosters St. Gallens, einer Subvention des Kantons und fleissiger Fronarbeit.

Von 1862 bis 1957 war Freidorf eine Gesamtschule. Erst- bis Neuntklässler wurden im selben Klassenzimmer unterrichtet, wobei die Schülerzahl zwischen 30 und 60 Kindern schwankte. Der Schullalltag richtete sich stark nach dem Rhythmus des bäuerlichen Lebens, da Kinder auf den Höfen wichtige Arbeitskräfte waren. Es gab Heu-, Emd- und lange Obstferien im Herbst. Von Frühling bis Herbst fand der Schulunterricht zudem nur halbtags, im Winter jedoch während des ganzen Tags statt.

Der Lehrer erhielt einen bescheidenen Lohn, etwas Ackerland und einige Obstbäume zur Bewirtschaftung. Lehrer Uhler beispielsweise (Er unterrichtete um die Jahrhundertwende rund 30 Jahre in Freidorf.) war ein leidenschaftlicher Bienenzüchter. Er liess seine Hühner frei auf dem Pausenplatz herum laufen.

Im Winter 1928/29 war es so kalt, dass der Unterricht zeitweise eingestellt werden musste.
1933 entschied die Schulbürgerversammlung den Schülern Zeugnisse abzugeben.
Der Turnunterricht entwickelte sich nur allmählich, denn der Sinn wurde von der Bevölkerung zuerst noch nicht so richtig eingesehen. An der Schulbürgerversammlung im Jahre 1942 wurde dem Lehrer vorgeworfen, es werde zu viel geschlittelt und unnötig Sport betrieben.

Die Gesamtschule Freidorf-Watt gehörte während einiger Jahre zu den grössten des Kantons. 1957 entstand neben dem Schulhaus ein Pavillon mit zwei Schulzimmern. Zur gleichen Zeit wurde eine zweite Lehrkraft eingestellt.
1972 kam zur Unter- und Oberschule ein Kindergarten dazu. 1976 wurde der Pavillon um ein Schulzimmer und einen Werkraum, 1984 ein Handarbeits- und ein Lehrerzimmer erweitert. Ebenfalls 1984 wurde eine überdeckte Pausenhalle hinzugefügt.

1993 wurde die neue Mehrzweckhalle erstellt.

1996 erfolgte der Abbruch des Pavillons und der Neubau eines modernen Schulhauses. Dank der Weitsichtigkeit der Freidorfer Schulbürger wurden sechs Klassenzimmer gebaut, obwohl es damals nur drei Abteilungen gab. Zehn Jahre später, im Schuljahre 2005/2006, wurde - wegen des stark gewachsenen Dorfteils Freidorf - eine sechste Abteilung eröffnet. Nun war das Schulhaus voll belegt.

Ebenfalls aufgrund dieses Wachstums wurde im Jahre 2004 der umfassende Um- und Anbau des „Alten Schulhauses“ in Angriff genommen. Die Bautätigkeiten konnten im Sommer 2005 abgeschlossen werden. Das neue "Alte Schulhaus" wurde im Oktober 2005 mit einem grossen Fest eingeweiht.

Am 5.April 2008 lud die Primarschulgemeide die Bevölkerung von Roggwil zur Besichtigung des Bühnenanbaus und der Bühnentechnik ein.
Auch die umgebaute Küche mit den neuen Einrichtugen konnte angeschaut werden.

Die Gestaltung des neuen Pausenplatzes wurde 2018 verwirklicht und bietet Schulkindern und Besuchern ein vielfältiges und tolles Angebot.